中国医学科学院、中国协和医科大学皮肤病研究所于1954年在北京成立，原称中央皮肤性病研究所，直属中央卫生部领导。是国内成立最早，集医疗、科研、教学、防治为一体的国家级皮肤病医疗、科研机构。1958年归属中国医学科学院领导。1970年从北京迁至江苏泰州市。1984年迁南京现址，并成立皮肤病医院，1986年成立全国性病防治研究中心(1994年改称全国性病麻风病控制中心)与之合署办公。
该研究所占地面积36271平方米，建筑面积30611平方米，主要建筑有科研楼、门诊楼、住院楼和制剂楼等。两个病区编制床位100张，门诊设计1000人次/日，设有24个临床、科研科室、两个重点学科、现场防治研究基地，中国协和医科大学博士生临床教学基地、中国医学真菌菌种保藏中心，卫生部皮肤病药物临床药理基地之一，同时是全国性病麻风病控制中心。并承担《中华皮肤科杂志》、《国外医学皮肤性病学分册》等国家级杂志编辑任务。现有固定资产3000多万元，万元以上医疗科研设备近200余件。
图书馆藏书3余万册，外文专业期刊120多种，中文专业期刊190种，是国内皮肤病学科专业藏书较全的书库之一。现有职工350余名，正副研究员(正副主任医师)50多名，其中博士研究生导师10名、硕士研究生导师17名、专业技术人员占职工总数的70%以上，在担任科研工作的同时还承担着所在社区及至全国范围内的皮肤病、性病(尤其为各种疑难重症皮肤病、性病)的医疗、防治和教学任务，为全国积极防治性病、基本消灭头癣和麻风病作出了重要贡献。