南京中医药大学第三附属医院(南京市中医院、南京市肛肠病医院)座落在闻名海内外的南京夫子庙，是一所集医、教、研和康复为一体的三级甲等综合性中医院。医院创建于1956年，经过半个世纪的风雨沧桑，几代人的艰苦创业，目前医院占地面积19300平方米，医疗用房44000平方米，定编床位404张，科室设置齐全，年门诊量51万余人次，年收治病人近一万人次。
近几年医院先后建起内科楼、门诊楼、心研所楼;成立第一医院南院;启动南扩工程;联合南京地区10家二级医院设立“南京市第一医院集团”;在江苏、安徽、湖北等省各大中型医院建立心脏病、骨科和眼科诊疗分中心共20个。医院规模及医疗幅射面进一步扩大，医疗技术快速发展，高新技术初步品牌化、规模化，形成一项优势、八项特色，一项优势：心血管病诊疗技术处于省内领先、全国先进水平，许多项目达国际水平;八项特色：心、肝、肾、角膜等器官移植技术、上肢前臂移植及关节置换技术、微创手术和内镜诊疗技术、肝胆疾病和肿瘤系列诊治技术、突发事件急诊救护技术、脑血管诊疗技术、糖尿病防治技术及康复医学技术、实验诊断与影像诊断技术。