武警南京医院是一所集医疗、预防、保健、教学、科研为一体的"二级甲等"医院。医院设有门急诊部、内一科、内二科、外一科、外二科5个临床科室和检验科、影像科、麻醉科、药械科4个医技科室。开展21个二级分科专业：神经内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、内分泌科、普外科、神经外科、胸外科、骨科、手足外科、烧伤科、椎间盘镜和腹腔镜微创治疗、泌尿科、麻醉科、妇科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、中医科、理疗科。展开床位250张。医院拥有十几位资深专家、主任和一大批高、中级专业技术人才，与江苏省人民医院合作，每周定期由省人民医院知名专家、教授坐诊，全天候对外门诊。
医院本着"以病人为中心"的原则，以一流的技术、一流的质量、一流的服务竭诚为来院就诊的患者提供快速、全面的医疗服务。中心拥有强大的专家队伍，可开展百余种肛肠疾病手术，手术方式灵活多样，科学严谨。按照"无痛、速愈、减少术后出血、防止狭窄、快捷手术"五大患者诉求结合实际发病情况给予患者最合适的治疗手术方案。结合本中心特色中西成药和熏蒸疗法达到理想的治疗效果。